Perguruan Tinggi yang kini dikenal sebagai Universitas Katolik Widya Mandala Madiun ini semula merupakan bagian integral dari Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya – Madiun. Universitas ini dikelola oleh Yayasan Widya Mandala yang berkedudukan di Surabaya. Berikut ini sejarah singkat Universitas Katolik Widya Mandala Madiun dalam kaitannya dengan Universitas Katolik Widya Mandala seluruhnya.

Yayasan Widya Mandala didirikan pada tanggal 7 Juli 1958 oleh Bapa Uskup Surabaya Mgr. J. Klooster, C.M., yang disahkan dengan Akte Notaris Anwar Mahajudin Nomor 42/1960 tanggal 11 Agustus 1960. Tugas utama Yayasan Widya Mandala adalah mendirikan sebuah perguruan tinggi di lingkungan Keuskupan Surabaya.

Tanggal 20 September 1960, Yayasan Widya Mandala mendirikan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) dengan 2 (dua) jurusan yaitu Jurusan Ilmu Pendidikan yang dikelola oleh Romo Prof. Dr. Janssen, C.M.dan Jurusan Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia yang dikelola oleh Suster Dra. Dionysia Michel, OSU. FKIP ini semula berkedudukan di Jalan Wilis Madiun (sekarang Jalan A. Yani No. 7 Madiun). Kemudian pindah ke Jalan Manggis No. 15 – 17 Madiun.

Pada tanggal 1 September 1961, Yayasan Widya Mandala mendirikan Jurusan Ilmu Alam yang berkedudukan di Jalan Dinoyo No. 42 Surabaya. Pada tanggal 1 September 1962 didirikan pula Jurusan Bahasa dan Sastra Inggris yang juga berkedudukan di Jalan Dinoyo No. 42 Surabaya.

Fakultas-fakultas lain dan Lembaga-lembaga Pendidikan yang kemudian didirikan selain FKIP tersebut adalah: Fakultas Farmasi, Fakultas Ekonomi, Lembaga Pendidikan Sekretaris, Lembaga Pendidikan Ajun Akuntan, dan Lembaga Pendidikan Teknik Radio dan Televisi, yang seluruhnya berkedudukan di Jalan Dinoyo No. 42 Surabaya.

Sampai tahun 1965, Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya – Madiun mempunyai tiga fakultas, yaitu:

1. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) dengan empat jurusan, yaitu:

a. Jurusan Ilmu Pendidikan (di Madiun)

b. Jurusan Bahasa dan Sastra Indonesia (di Madiun)

c. Jurusan Bahasa dan Sastra Inggris (di Surabaya)

d. Jurusan Ilmu Alam (di Surabaya)

2. Fakultas Farmasi (di Surabaya)

3. Fakultas Ekonomi (di Surabaya)

Pada tanggal 7 Agustus 1965, Yayasan Widya Mandala menjadikan Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya – Madiun menjadi dua perguruan tinggi, yaitu: IKIP Katolik Widya Mandala dan Universitas Katolik Widya Mandala. Pada tanggal 27 Agustus 1969, IKIP Katolik Widya Mandala disatukan kembali ke dalam Universitas Katolik Widya Mandala sebagai Fakultas Ilmu Pendidikan bagi Jurusan Ilmu Pendidikan dan Fakultas Ilmu Keguruan bagi Jurusan Bahasa dan Sastra Indonesia, Jurusan Bahasa dan Sastra Inggris, dan Jurusan Ilmu Alam.

Pada tahun 1969 sampai 1976, Jurusan Bahasa dan Sastra Inggris membuka kelas paralel di Madiun.

Pada tahun 1985, karena Dirjen Dikti tidak memperkenankan Perguruan Tinggi Swasta memiliki dua kampus di dua kota diluar radius tertentu, maka Jurusan yang ada di kampus Madiun dipisahkan dari Jurusan yang ada di kampus Surabaya. Karena di Madiun hanya ada dua Jurusan, maka menjadi Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Katolik Widya Mandala Madiun, berdasarkan SK Mendikbud Nomor 070/Q/1985, Nomor 071/Q/1985, dan Nomor 072/Q/1985, tanggal 18 Februari 1985.

Pada tanggal 26 Mei 1986, atas usulan Yayasan Widya Mandala, Uskup Surabaya Mgr. A. Dibyokaryono, Pr. Dengan Akte Notaris Elly Nangoy S.H. Nomor 25, mendirikan Yayasan baru yang bernama Yayasan Widya Mandala Madiun, dengan Ketua Romo Dr. St. Reksosusilo, CM. Selanjutnya Bapa Uskup melimpahkan kepada yayasan baru tersebut pendelegasian hak milik atas semua aset yang ada di Madiun, baik tanah, gedung, perabot, perlengkapan, maupun segala sarana dan prasarana, baik yang lama maupun yang baru, dan melimpahkan pendelegasian hak dan wewenang untuk menyelenggarakan, mengurus dan mengembangkan lebih lanjut STKIP Katolik Widya Mandala Madiun. Kemudian sebagaimana dicatat dalam Akte Notaris Elly Nangoy S.H. (No. 25, tanggal 26 Mei 1986), STKIP Katolik Widya Mandala Madiun secara resmi dipisah dari Widya Mandala Surabaya.

Dengan demikian STKIP Katolik Widya Mandala Madiun mendapat otonomi dan mengelola Jurusan Ilmu Pendidikan Program Studi Psikologi Pendidikan dan Bimbingan Jenjang D-3 dengan Status Disamakan, dan S-1 dengan Status Terdaftar, serta Jurusan Pendidikan Bahasa dan Seni dengan Program Studi Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia Jenjang D-3 dengan Status Diakui dan Jenjang S-1 dengan Status Terdaftar.

Pada tahun akademik 1986/1987 STKIP Katolik Widya Mandala Madiun membuka jurusan baru, yaitu Jurusan Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (JP MIPA), dengan Program Studi Pendidikan Matematika Jenjang S-1. Tahun berikutnya dibuka jurusan baru JP MIPA Program Studi Pendidikan Biologi Jenjang S-1. Namun tiga semester kemudian jurusan tersebut terpaksa dihentikan karena Pemerintah menganggap jenuh Jurusan Kependidikan (Surat Dirjen Dikti No. 20/D.4.II/II/1989).

Untuk mengantisipasi perkembangan dengan semakin melimpahnya lulusan sarjana kependidikan, maka pada tahun 1990/1991 Yayasan Widya Mandala Madiun membuka dua Sekolah Tinggi baru, yaitu Sekolah Tinggi Bahasa Asing (ST BA) Widya Mandala Madiun Jurusan Bahasa dan Sastra Inggris (SK Mendikbud No. 0323/0/1990 tanggal 1 Mei 1990), dan ST MIPA (Sekolah Tinggi Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam) Widya Mandala Madiun Jurusan Biologi Program Studi Biologi Lingkungan (SK Mendikbud No. 0324 /Q/1990 tanggal 1 Mei 1990).

Pada tanggal 31 Desember 1991 tiga Sekolah Tinggi tersebut dimerger menjadi Universitas Katolik Widya Mandala Madiun, dengan SK Mendikbud Nomor 0687/Q/1991).

Sampai dengan tahun 2011 Universitas Katolik Widya Mandala Madiun telah memiliki 6 Fakultas dengan 9 Jurusan/Program Studi, yaitu :

1. FKIP dengan 3 program studi, yaitu:

a. Program Studi Bimbingan dan Konseling

b. Program Studi Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia

c. Program Studi Pendidikan Matematika

2. Fakultas Sastra dengan Program Studi Sastra Inggris.

3. Fakultas MIPA dengan Program Studi Biologi.

4. Fakultas Teknik dengan Program Studi Teknik Industri.

5. Fakultas Ekonomi dengan 2 program studi, yaitu Program Studi Manajemen dan Program Studi Akuntansi.

6. Fakultas Psikologi dengan Program Studi Psikologi.

Dan pada tahun 2019, dengan tujuan untuk menjadi semakin baik dalam pelayanan berkelanjutan dengan semangat non scholae sed vitae discimus, berdasarkan SK Kemenristekdikti No. 442/KPT/I/2019 maka sejak tanggal 11 JUNI 2019, Universitas Katolik Widya Mandala Madiun berubah menjadi Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya Kampus Kota Madiun.  Sementara Program Studi yang ada di Madiun berubah menjadi Program Studi Diluar Kampus Utama (PSDKU) sehingga sekarang menjadi:

1. PSDKU Bimbingan dan Konseling

2. PSDKU Pendidikan Bahasa Indonesia

3. PSDKU Pendidikan Matematika

4. PSDKU Bahasa Inggris

5. PSDKU Biologi

6. PSDKU Teknik Industri

7. PSDKU Manajemen

8. PSDKU Akuntansi

9. PSDKU Psikologi

10. PSDKU Farmasi Diploma 3