Untuk Kampus Kota Madiun, Biro administrasi akademik (BAAK) dipimpin oleh seorang Wakil Ketua yang bertanggung jawab langsung kepada Wakil Rektor IV dan berkoordinasi dengan Kepala BAAK.  Tugas Wakil Kepala Biro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan (BAAK) adalah membantu Kepala BAAK, khusus untuk kampus kota Madiun, dalam:

1. menyusun Rencana Operasional dan program kerja di bidang layanan administrasi
   akademik dan kemahasiswaan sebagai pedoman pelaksanaan tugas;
2. merencanakan dan mengelola anggaran BAAK di kampus kota Madiun sesuai
   ketentuan yang berlaku;
3. menyusun kebijakan untuk penetapan standar mutu, implementasi, monitoring dan
   evaluasi serta peningkatan kualitas berkelanjutan dalam bidang administrasi akademik
   dan kemahasiswaan;
4. menyusun pedoman teknis operasional di bidang layanan administrasi akademik dan
   kemahasiswaan sebagai pedoman pelaksanaan kegiatan;
5. merencanakan kegiatan dalam lingkup administrasi akademik dan kemahasiswaan di
   kampus kota Madiun;
6. mengkoordinasi kegiatan operasional sistem informasi akademik dalam hal administrasi
   kurikulum, dosen pengajar, data hasil perkuliahan, dan data kelulusan.
7. mengembangkan basis data administrasi akademik dan kemahasiswaan yang akurat,
   terintegrasi, konsisten, mudah diakses, dan ter-update secara regular, berkoordinasi
   dengan Kepala Bagian Administrasi Akademik;
8. menangani administrasi proses kelulusan antara lain yudisium, dokumen kelulusan
   seperti ijazah, transkrip, dan Surat Keterangan Pendamping Ijazah (SKPI);
9. melaksanakan administrasi dan layanan teknis administrasi yang berkaitan dengan
   administrasi akademik dan kemahasiswaan, registrasi mahasiswa, administrasi
   kelulusan dan wisuda di kampus kota Madiun, berkoordinasi dengan Kepala Bagian
   Registrasi dan Umum;
10. melakukan pengaturan teknis atas pekerjaan administrasi akademik dan
    kemahasiswaan untuk pegawai BAAK di kampus kota Madiun;
11. melakukan evaluasi terhadap program kerja BAAK di kampus kota Madiun;
12. memantau dan meningkatkan kinerja program kerja BAAK di kampus kota Madiun;
13. menyampaikan laporan tahunan dan akhir jabatan tentang program kerja dan anggaran
    BAAK di kampus kota Madiun kepada Kepala BAAK dan Wakil Rektor IV.

    ;